Bien qu'il soit irlandais, Shane MacGowan est né en Angleterre dans le Kent à Tunbridge Wells. Ses deux parents irlandais[1], ont vécu dans de nombreuses régions du sud-est de l'Angleterre, dont Londres et Brighton. Peu de temps après sa naissance, la mère de MacGowan retourne en Irlande, où il passe six années avec sa mère dans la maison familiale de Carney, près de Nenagh dans le comté de Tipperary.

En Irlande, il est complètement immergé dans la musique traditionnelle de la culture irlandaise. Sa mère est une chanteuse et danseuse traditionnelle et travaille comme mannequin à Dublin. Son père est très intéressé par la littérature et l'écriture.

Il retourne en Angleterre, où il est scolarisé à Holmewood House Preparatory School à Langton Green, Tunbridge Wells. Il est légèrement supérieur à la moyenne, mais est victime de sa timidité.

En 1971, MacGowan obtient une bourse d'études musicales et intègre Westminster School, une école publique anglaise à proximité de la Maison du Parlement. Il est trouvé en possession de drogue et est expulsé lors de sa deuxième année. En dépit de ses premières années en Irlande, il vit la majorité de sa vie à Londres, d'où il tire son accent très prononcé du nord de Londres.